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After a year in Boston, entering an happy Apocalypse
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12 mars 2020

COVID-19 : 16 jours pour réagir (et encore...)

Décidément, je n'ai pas de bol. J'ai maintenu ce blog pendant des années en prédisant l'Apocalypse et c'est précisément quand je laisse le blog de coté (par manque de temps et parce que j'ai autre chose à écrire) que l'Apocalylse nous arrive sur la tronche sous la forme du NCOV-SRAS-2... Bon, pas la peine de faire dans la dentelle: we are in deep shit... et même plus que ce que l'on pense. 
Dans ce post, j'aimerais faire part de ma lecture de deux bonnes analyses... D'abord, un premier article sur la nécessité de calmer l'extension de l'épidémie (flatten the curve)?

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La courbe des cas confirmé présente dans les deux articles montre que on est bien en régime exponentiel avec un taux de croissance qui est identique pour USA/France/Suisse/Espagne/Allemagne/Italie… C’est à partir de là que j’ai fait le calcul pour le nombre de jours qu’il nous reste avant que le système de santé ne soit débordé.
Voici le calcul en détail: sur cette courbe, la vue de nez, on a x10 sur le nombre de cas en 10 jours en gros. Donc si on dit que 1 malade sur 12 finira en réanimation, et qu'il y a 5000 lits de réanimation en France, il suffit de 60 000 malades pour saturer le système (les gens doivent rester longtemps en réa en plus donc ils s'empilent)... Allez mettons 100 000 en améliorant la capacité de réanimation en mobilisant la médecine militaire et en récupérant des équipements ou en trouvant un moyen de pouvoir sortir les gens plus vite de la phase critique (soyons optimistes). On était hier soir à 2300 cas. Donc d'ici environ 17 jours, si rien n'est fait pour sortir de la droite sur la courbe ci dessus, on va saturer les capacités de réanimation [100 000/2300 = 43,5 ... or log_10(43,5)=1,64 donc en 10x1,64 soit 16,4 jours, on atteindra les 100 000 cas]. 
A noter que le taux italien baisse un peu début mars: c’est je pense l’effet du début du confinement des régions contaminées au départ. Il va falloir surveiller comment le lockdown complet qui vient d’être décidé change le taux de propagation… c’est l’inconnue des prochains jours mais elle nous renseignera plus précisément sur l’effort nécessaire pour entamer une décrue de l’épidémie.
A noter aussi que mon estimation est un ordre de grandeur: j’ai mis à la louche 8% des cas en réa mais là dedans, il y a seulement une partie qui a besoin d’un lit, le reste peut sans doute s’en tirer avec une bouteille d’oxygène à domicile. Les chiffres que j’ai vu via l’OMS c’est 5% sous respirateur, 15% sous oxygène… Et il faut entre 3 et 6 semaines de ce traitement pour se remettre dans les formes graves (donc un lit occupé ne se vide pas à l’échelle de temps caractéristique dont on parle: 2 semaines). D’un autre coté, je suis parti de l’estimation des cas officiels ce qui est aussi une estimation optimiste.
En effet, la seconde courbe intéressante, qu’on trouve dans les deux articles, c’est la courbe des nombre de cas à Wuhan: elle montre deux histogrammes, l’un étant le nombre de gens avec symptômes et l’autre le nombre de gens avec diagnostic confirmé : elles sont différentes évidemment. Les barres grises ont été rétro-calculées en interrogeant les gens sur le début de leurs symptômes une fois qu’ils ont été diagnostiqués.
On voit que les choses n’ont commencé à se calmer qu’avec un shutdown total mais déjà, il y a une masse de gens susceptibles d’avoir propagé le virus. En fonction des méthodes de détection et du système de soin, on peut donc avoir une image erronée de l’état de la contagion et c’est d’autant pire qu’on a attendu. Le second papier que je vous ai signalé est plus précisément focalisé là dessus.
Donc dans un certain nombre de pays dont le notre, la situation est probablement plus sérieuse que ce qu’on pense: le virus circule déjà largement, simplement on est encore (mais pour pas très longtemps) dans une configuration où le système de santé tient le choc. Le problème c’est qu’on risque, en ne percevant pas l’ampleur du phénomène, de procrastiner et de se retrouver dans une situation où il y a aura trop de cas très graves par rapport aux capacités des hôpitaux. C’est là qu’on devra trier et le taux de mortalité final sera donc plus élevé que si on avait réagi avant.
Comme le dit le second papier: 
"So if you suddenly have 100,000 people infected, many of them will want to go get tested. Around 20,000 will require hospitalization, 5,000 will need the ICU, and 1,000 will need machines that we don’t have enough of today. And that’s just with 100,000 cases. »
Mon estimation, c’est qu’on va en être là dans environ deux semaines.
Tout le problème, c’est que je pense que très peu de gens ont une idée de ce qu’il va falloir mettre en oeuvre pour arriver à diminuer le taux de contagion… Les chinois ont réussi mais avec une discipline de fer très bien décrite ici (https://threadreaderapp.com/thread/1237020518781460480.html)… Sur Lyon, la vie semble continuer comme si de rien était… Et j’ai bien vu hier lors de l’émission de télé sur LCI , qu’il y a encore pas mal de gens dans le déni. 
Si on part sur les bases de l’analyse de ce premier papier, l’article qui vient de sortir dans Le Parisien  est assez inquiétant: le nombre de nouveaux cas vient de doubler… on est à 44 hier, ce qui veut dire probablement plus de 1200 nouveaux cas réels… En clair, sur Paris, ca va être terrible.
Donc il y aura un choc, que seul l’exemple italien peut éventuellement aider à anticiper et encore, pas complètement car la France a une structure bien particulière avec une concentration de 16% de la population en une région. Et qui dit choc dit perte de confiance et donc panique boursière, crise de confiance, paralysie de l’économie etc.. là on va moins rigoler ;-)
Sur la durée du problème: le lockdown a Wuhan date du 23 janvier. Ils ne sont pas encore sortis d’affaire donc on en est déjà à un mois et demi. J’ai eu un bruit de couloir d’une capacité du coronavirus à résister vraiment longtemps sur certaines surfaces non nettoyées (ce qui pourrait expliquer le R0 aussi élevé). Donc à mon avis, entre la lente décroissance du R0 et la prudence que va impliquer la désinfection, je dirai qu’on est parti pour une phase délicate de deux voire trois mois, sachant qu’après les échanges ne pourront pas reprendre pareillement car le front épidémique se sera déplacé ailleurs et qu’on n’a aucune indication sur la durée de l’immunisation après primo-infection.
On va donc devoir apprendre à « vivre avec » le monstre dans le placard (une fois qu’on aura réussi à le remettre dedans, ce qui n’est pas fait), le temps de mettre au point un vaccin. Bref: 2 ans à vue de nez
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Commentaires
B
Je passais par là... Petit salut amical !
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After a year in Boston, entering an happy Apocalypse
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